『1巻あらすじ』nn箱庭学園内に設置された目安箱は、24時間365日、生徒の誰もが、どんな悩みでも投書できる、通称“めだかボックス”！　生徒達のあらゆる悩みを解決する為に完全生徒会長・黒神めだかの奮闘の日々が始まった!!nn引用：コミックシーモア

『2巻あらすじ』nn部費増額を求める各部活動の為に「部費争奪水中運動会」を企画した生徒会。当日、生徒会の参戦も決まり、イベントは一気に最高潮に！　だがそんな生徒会の前に特待生揃いの競泳部・三人衆が立ちはだかり…!?nn引用：コミックシーモア

『3巻あらすじ』nn雲仙によって仕掛けられた生徒会潰し。徐々に過激さを増していく雲仙の行動が、めだかに異変をもたらし!?　生徒会VS風紀委員会、その対決の行方は…!?　――そして学園が極秘裏に進める謎の計画が明らかに!!nn引用：コミックシーモア

『4巻あらすじ』nn善吉と共に元十三組の実兄・真黒の下を訪れ、苛酷な修業を受けるめだか。その成果を発揮するべく都城王土の待つ場へ向かった二人だが、彼の口から学園生徒を巻き込むフラスコ計画の恐るべき実態が語られ!?nn引用：コミックシーモア

『5巻あらすじ』nn怒濤の攻撃を凌ぎ、対宗像戦を有利に進める善吉。だが宗像の本領の一撃が遂に善吉を捕え!?　苛烈なる戦いの結末と宗像の隠された真実とは!?　そして地下三階へ突入した生徒会に新たな『十三人』の魔の手が…!!nn引用：コミックシーモア

『6巻あらすじ』nn記憶と異常を失っためだかを観察しているうちに、これまでのフラスコ計画を覆すある仮説へと辿り着いたくじら。仮説を実証する為に、都城の協力を得てめだかに別人格を埋め込むという新たな実験を始め…!?nn引用：コミックシーモア

『7巻あらすじ』nn善吉からの想いを受けたことで本来の人格を取り戻しためだか。遂に最深部「地下十三階」においてフラスコ計画の象徴・都城王土との戦いに挑むことに。壮絶なる死闘の末に、めだかを待ち受けるものとは…!?nn引用：コミックシーモア

『8巻あらすじ』nn球磨川率いるマイナス十三組の目的が判明し、先手を打ちたい生徒会。助っ人として名前の挙がった前生徒会長・日之影空洞のもとを訪ねるめだかだが…!?　一方、本格的に動き出した過負荷たちは次なる行動に!!nn引用：コミックシーモア

『9巻あらすじ』nn緊迫の庶務戦、毒蛇の餌食となった球磨川と善吉の安否は!?　一方、その激闘の裏で仕組まれた過負荷の謀略が明らかになり窮地に追い込まれる生徒会。かつてない混乱の中、幕を開ける書記戦の行方は果たして!?nn引用：コミックシーモア

『10巻あらすじ』nn会計戦、球磨川による分断作戦と、成長を遂げる江迎の過負荷に苦戦する人吉母子。だが善吉が手にした新たな「眼」が江迎を追い詰め、徐々に形勢は有利に。しかし勝機が見えたその時、球磨川が思わぬ行動に…!?nn引用：コミックシーモア

『11巻あらすじ』nn生徒会選挙最終戦を前に、最凶の過負荷・球磨川禊が帰還。球磨川はめだかとの決着を誓い「はじまりの過負荷」を取り戻していた。そして遂に幕を開ける会長戦。長きに亘る過負荷との戦いに、いま終止符が打たれる!!nn引用：コミックシーモア

『12巻あらすじ』nn5人の候補生を迎え始動した次世代育成プログラム。その特別企画として、めだか号令の下に催された宝探しには生徒会役員も参加し、候補生達との対決に。各関門に待ち受ける難敵難問に苦戦する参加者達だが!?nn引用：コミックシーモア

『13巻あらすじ』nn宝探し終盤戦！　残る2人の委員長が、参加者の行く手に立ちはだかる。飼育委員長・上無津呂杖主催「猫追い犬」、美化委員長・廻栖野うずめ主催「魔獣退治」。その果てに待ち構えていたのは、一同仰天の展開……!?nn引用：コミックシーモア

『14巻あらすじ』nn13年間、いつもめだかの側にいた善吉が彼女との敵対を決意。取り巻く者たちも善吉派、めだか派で揺れて、第三勢力の動きも。そんな中、善吉の前に謎の人物「鶴喰鴎」が出現。それらは全て安心院の筋書きで!?nn引用：コミックシーモア

『15巻あらすじ』nn闇雲にめだかに勝つことを求めていた善吉が、名実ともに彼女への「勝ち」を手にするため、思いも寄らぬ決断を下す。一方、第三勢力を率いる球磨川は、全委員長達を取り込もうと、彼らにある勝負を持ちかけ!?nn引用：コミックシーモア

『16巻あらすじ』nn箱庭学園の三大祭の一つ「聖夜祭」。その日に執り行われることになった生徒会選挙は、思わぬ立候補者が加わり善吉、めだかと三つ巴の様相に。めだかへの気持ちを胸に決戦に臨む善吉。『後継者編』遂に決着!!nn引用：コミックシーモア

『17巻あらすじ』nnめだかに父親殺しの疑念を抱く鶴喰鴎が、生徒会長の座を退いた彼女と接触。めだかの口から、鶴喰の父親の死が、彼女の婚約者たちが争う醜悪なる宴に関わっていることが明かされ!?　『漆黒の花嫁衣裳』編、開宴!!nn引用：コミックシーモア

『18巻あらすじ』nn潜木との勝負で追い詰められた江迎の前に『あの男』が参上！　さらに善吉がめだかの残したメッセージの解読に成功し、一行は彼女の下へ。そこで待ち受ける事態と、行われるゲームとは…!?　漆黒宴、決着!!nn引用：コミックシーモア

『19巻あらすじ』nn平穏が訪れた箱庭学園で、不知火半袖が『なかったこと』に。異変に気づいためだかは、事件の鍵を握る安心院に辿り着き、彼女が自分のせいで行方をくらましたと知るが!?　新章・『不知火不知』編、スタート!!nn引用：コミックシーモア

『20巻あらすじ』nn獅子目言彦に対抗する力を手に入れるため、鶴喰梟の行方を追うめだか達は、彼が潜伏している箱庭病院を目指す。一方、不知火半袖は鶴喰梟の影武者となるべく派遣される。そこで彼女が目にしたものとは…!?nn引用：コミックシーモア

『21巻あらすじ』nn遂に獅子目言彦と対峙しためだかは、習得した『スタイル』で勝負に臨むが、渾身の一撃を跳ね返される。死の際で、彼女は実の母・鶴喰鳩との邂逅を果たすが…!?　『不知火不知』編、怒濤のクライマックスへ!!nn引用：コミックシーモア

『22巻あらすじ』nnめだかが学園を去ることになり、その花道に「百輪走」なる壮行会が催される。友やかつての敵と別れた後、彼女は…。そして──！　青春のすべてを詰め込んだ、めだか達の箱庭学園での日々が感動のフィナーレ!!nn引用：コミックシーモア