『1巻あらすじ』nnふつうの高校1年生、貴衣とつくねの学校に魔法少女が出現!　不思議な力で次々と同級生を殺していき……。未曾有の絶望パニックホラー開幕!nn引用：コミックシーモア

『2巻あらすじ』nn阿鼻叫喚と化した学校から抜け出すことに成功した貴衣たち。街で合流した同級生とともにモールへと逃げ込む。そこで彼らが目にしたものは…!!nn引用：コミックシーモア

『3巻あらすじ』nn巨大な魔法少女が暴れ、逃げ込んだモールが倒壊し、一行は二手に分断される。貴衣たちの前に現れた新手の魔法少女により、楓、姫路、芥が消され、ついには貴衣までも消されてしまい…!? 予測不能!　驚天動地の新展開…!!nn引用：コミックシーモア

『4巻あらすじ』nnつくねの父・誠一により蓮たちは一命を取り留める。だが意識を取り戻したつくねの身に異変が…!? 死の病院編!　最凶の魔法少女出現!!nn引用：コミックシーモア

『5巻あらすじ』nn強化された魔法少女たちから間一髪逃れた芥たち。さらに芥はこの状況を脱し、魔法少女らを殲滅する方法があると言う…。一方、貴衣のために院内に向かった楓に変わり果てたつくねの凶刃が迫り…!?nn引用：コミックシーモア

『6巻あらすじ』nn生存者が次々と集まった病院の屋上。そこで芥からつくねを殺せば世界が救われると聞いた貴衣。葛藤の末、貴衣が手渡されたステッキでつくねを撃つと、世界は音を立てて崩れ、深い闇に包まれて…!?nn引用：コミックシーモア

『7巻あらすじ』nn徐々に明らかになる姫路とパペットマスターの狙い。仲間になった魔法少女との“混FUSION”とは一体…!!nn引用：コミックシーモア

『8巻あらすじ』nnラボで待っていた殿ヶ谷から衝撃的な事実と“未来行き”を告げられ、複雑な胸中のまま各々の家へと戻った貴衣たち。わずかな安息も許さずパペットマスターたちが急襲!!　何度も再生する奴らを倒すため、魔法少女たちがとった行動とは…!? 「番外編―Another Beginning―」(週刊少年チャンピオン2014年41号収載)も収録。nn引用：コミックシーモア

『9巻あらすじ』nn舞台は未来……。製薬会社ヴァレリーベ社長の白金宗は、自社の新薬開発に貢献した息子・忍に、突然死した母を蘇生する薬の開発を依頼。そしてその際に宗が忍に託したのは“魔法少女の血”で…!? 驚愕のダークサスペンスホラー、Season2開!!nn引用：コミックシーモア

『10巻あらすじ』nn試験管から放たれた謎の少女。猛獣を軽く屠る力を有しており、さらに姫路弥という名前を与えられて…!? 警察の拘束から逃れたみかのの前に、変わり果てた姿の忍が現れて…!? 解放されし最恐最悪の力!!　抗う術は……!?nn引用：コミックシーモア

『11巻あらすじ』nn貴衣とつくねはすれ違い、楓は殿ヶ谷と接触!! 武装した芥が魔女の元へ向かうが…!? 真壁は試験管より“あの人物”を解き放つ…!?nn引用：コミックシーモア

『12巻あらすじ』nn姫路の命によりヴァレリーベ上空のワームホールから亜種魔法少女（オルタナティブ・マジカル）が送り込まれた。一方、瀕死の楓たちの前に謎の救世主が現れ…!? 全ての絶望の因果を打ち破る最後の戦いが今始まる…!nn引用：コミックシーモア

『13巻あらすじ』nn計画変更を余儀なくされ、未来へ逃亡を謀る姫路をもう1人の“弥”が阻む!　一方、貴衣たちの過去介入で、未来の忍たちに異変が…!? 全ての絶望の因果を断ち切る激動の決戦!　過去と未来が交わる刻、迫る…!!nn引用：コミックシーモア

『14巻あらすじ』nn一人の男の野望に、蹂躙される過去と未来!!　姫路を追って時空間通路に飛び込んだ貴衣たちの運命は!?　過去と未来との新たな出会いは奇跡を起こすか!? 世界終焉のカウントダウンが今、始まる!!nn引用：コミックシーモア

『15巻あらすじ』nnコアの抑制から解き放たれた忍の中の悪魔。また、もう一つの未来では姫路が祭壇に立ち、儀式を起こそうとするも…!?　世界を救うべく時空を超えることを決意する貴衣たち…! それぞれの想いをかけた最終決戦の火蓋が切られた…!!nn引用：コミックシーモア

『16巻あらすじ』nn儀式によって宇宙の概念が覆り過去も未来も並行世界もなくなり、ただ一つだけの世界が残った。“零世界”…黒呂木零が全てを支配する世界である!! 時空間の狭間に逃れ存在をとどめた貴衣とつくねたち。絶望的な状況の中、彼らが下した最後の決断とは…!?　『魔法少女・オブ・ジ・エンド』、堂々の最終巻!!!nn引用：コミックシーモア