『1巻あらすじ』 白銀武は並行世界の地球で目覚め、異星生命体BETAと戦う過酷な世界で、軍人として生きることを余儀なくされる。 滅亡の危機に立たされた人類は、地球放棄という絶望的な選択を取る。 そんな中、武は時間を逆行してしまい……。 引用：コミックシーモア

『2巻あらすじ』 晴れて衛士となった武はBETAとの闘いに向けて演習の毎日。そんななか、武は自分の経験を戦術機にフィードバックすることを思いつくが……!? 電撃大王の連載に大幅加筆修整しクオリティアップ。ゲストイラストも充実！ 引用：コミックシーモア

『3巻あらすじ』 「オルタネイティヴ4」 の鍵を握る 「数式」 を回収すべく、白銀武は 「元の世界」 へと帰還。そして、幼なじみの鑑純夏と運命的に再会する。一方、日本の中枢・帝都では動乱の気配が……。 引用：コミックシーモア

『4巻あらすじ』 本編前半、最大のヤマ場である 「クーデター編」 にいよいよ突入！ 帝都での軍事蜂起を契機に、出撃を余儀なくされた、武たち207小隊の面々。 帝都が血で染まるなか、武はある少女と運命の出会いを果たす。 冥夜に良く似た、その少女の正体とは……!? 引用：コミックシーモア

『5巻あらすじ』 横浜基地へ向かう武たちを、沙霧大尉率いる決起軍が急襲。 包囲網の中、将軍・悠陽と冥夜が運命の再会を果たす。 蒔島版 『オルタ』、クーデター編佳境！ 引用：コミックシーモア

『6巻あらすじ』 未来は確実に変化しつつあるように見えていたが、予期せぬ軍事クーデターが勃発。 その裏には米軍の思惑が……。 クーデターの首謀者・沙霧大尉は、すべての 「業」 をその身に背負いながら、戦場に果てる――。 原作でも明かされなかった人々の想いや戦場の真実――。 「クーデター編」 の深部が今、描かれる！ 引用：コミックシーモア

『7巻あらすじ』 正規兵に任官した武たち。新OSテストも順調に進んでいるかに見えたが、基地に突如BETAが現れ…。――あの惨劇が描かれる!! 引用：コミックシーモア

『8巻あらすじ』 アージュ 「マブラヴ オルタネイティヴ」 の公式コミック！ 心に大きな傷を負った武は、元の世界へ帰還。だがそこでも苛酷な現実が襲い掛かる。 引用：コミックシーモア

『9巻あらすじ』 アージュ 『マブラヴ オルタネイティヴ』 の公式コミック！ 元の世界へ戻った武に襲い掛かる苛酷な現実。自らの運命を知った武の決断は!? 引用：コミックシーモア

『10巻あらすじ』 再びBETAのいる世界へと戻った武は、00ユニット――純夏との再会を果たす。動き出す運命の歯車。佐渡島ハイヴ制圧を目的とする「甲21号作戦」が下される!! 引用：コミックシーモア

『11巻あらすじ』 マブラヴ オルタネイティヴ公式コミカライズ、逆襲の第11巻！ 甲21号目標――佐渡島ハイヴ攻略戦がはじまった。BETAとの壮絶な戦いのなか、凄乃皇・弐型の荷電粒子砲がついに火を噴く！！ 引用：コミックシーモア

『12巻あらすじ』 佐渡島ハイヴ攻略を目的とした「甲21号作戦」。機動を停止した凄乃皇・弐型のコクピットの中、伊隅みちるは決断を下す。人類の未来と引き替えに、自分の命を差し出すという、決断を――。 引用：コミックシーモア

『13巻あらすじ』 Ａ-01中隊に着任となった純夏だが、なぜか武と距離を置くように……。純夏の口から語られた真実。それはあまりにも悍ましく、そして哀しい記憶だった――。 引用：コミックシーモア

『14巻あらすじ』 突如として横浜基地に現れたBETA。その猛威により基地は地獄と化す……。人類反抗の鍵となる兵器“凄乃皇”を守るため、武たちA-01中隊は決死の防衛戦を繰り広げるのだが――？ 引用：コミックシーモア

『15巻あらすじ』 速瀬中尉の命と引き換えに、横浜基地は死守された。戦場に散った者たちの意志を継ぎ、人類は再び立ち上がる。史上最大の反攻作戦、“桜花作戦”その前夜。武と純夏の胸に去来するのは――。 引用：コミックシーモア

『16巻あらすじ』 人類の命運を懸けた大反攻、“桜花作戦”が発令。多大な犠牲を被りながらもオリジナルハイヴへの突入を果たした武たちは、攻略目標“あ号標的”に向けて進攻する。 引用：コミックシーモア

『17巻あらすじ』 オリジナルハイヴに突入した武は、ついに攻略目標“あ号標的”と対峙する。人類の命運を懸けた戦いの行方は――。約10年におよぶ連載を経て、『マブラヴ オルタネイティヴ』コミックス、最終巻!!　「オルタ」ファン必見の描きおろしエピソードも収録！ 引用：コミックシーモア