『1巻あらすじ』nn『助けて』そう言葉を残し、雨宮桜子は姿を消した。夜科アゲハは彼女を捜すため、連続“神隠し”失踪事件に関わる都市伝説「秘密結社サイレン」へとアクセスする。そして、アゲハの命を懸けたゲームが始まった!!nn引用：コミックシーモア

『2巻あらすじ』nn現実の世界に戻ったアゲハを襲う謎の高熱と鼻血。それは、力の目覚めだった。数日後、テレパシーで呼び出されたアゲハは、雨宮の師・八雲祭と出会う。そして、祭からサイレンの恐るべきルールが語られた！nn引用：コミックシーモア

『3巻あらすじ』nn再び、サイレン世界に招集されたアゲハ達を、巨大な“蟲”とPSIの力を込めた銃を使う謎の男が襲う！　弾切れした銃に男が力を充填している間に、事態を打開しようとする一行。だが朧とカブトに感染症状が現れ!?nn引用：コミックシーモア

『4巻あらすじ』nn二度のサイレンでの冒険で実力不足を痛感したアゲハ達は、身体能力を強化するライズを特訓する。そして、アゲハは自らの漆黒のバーストを制御する訓練を始める。一方、朧は天樹院エルモアに呼び出され…!?nn引用：コミックシーモア

『5巻あらすじ』nnカブトの叔父の山荘から、世界崩壊の手掛かりを手に入れたアゲハ達。しかし、“ワイズ”の一員・ドルキとその部下に見つかってしまう。強大な力を見せつけるドルキから、バラバラに逃げ出したアゲハ達だが!?nn引用：コミックシーモア

『6巻あらすじ』nn死の運命をエルモアに伝えようとするアゲハ。しかし、ネメシスQによって異世界へと飛ばされてしまう。そこで明かされるネメシスQの正体とは!?　一方、影虎はPSIを使う連続闇金窃盗犯達を追いかけるが…!?nn引用：コミックシーモア

『7巻あらすじ』nn犬居を倒しワイズの情報を聞き出そうとするアゲハ達の前に、恐るべき力を持つ男が現れた。口封じのために犬居を殺した男は、アゲハ達に襲いかかるが!?　一方、未来から持ち帰ったDVDの映像にも変化が…!?nn引用：コミックシーモア

『8巻あらすじ』nn星将達の襲撃を受け、分断されたアゲハ達。シャイナの瞬間移動能力の前に、なす術無く敗れる飛龍と朧。そしてドルキの爆撃からアゲハを庇いカブトも倒れてしまう。絶体絶命のアゲハ達の前に現れたのは…!?nn引用：コミックシーモア

『9巻あらすじ』nn突如現れたネメシスQからの救援の要請を受け、アゲハ達は夢喰島へと向かう。しかし、そこにネメシスQの主を狙う謎の集団“ネオ天草”が現れた！　予知能力を使い、その集団を率いる男の正体とは果たして…!?nn引用：コミックシーモア

『10巻あらすじ』nn遂に出会ったアゲハとネメシスQの主。サイレンのゲームの謎を求めるアゲハ達に、彼女が明かした自らの正体とは!?　そして真の目的とは!?　一方、行方不明になっている朧と飛龍は、それぞれ生き残っていたが…。nn引用：コミックシーモア

『11巻あらすじ』nn弥勒の情報を求め、はるかぜ学園を訪れた影虎達。しかし、そこには後の星将・ジュナスが！　互いの目的の為、激突する影虎とジュナスだが!?　一方、弥勒は自らの計画の為、強大な力を持つ男に闘いを挑む…!!nn引用：コミックシーモア

『12巻あらすじ』nn射場の口から語られた天戯弥勒の過去と、グリゴリ崩壊の真実。弥勒を止める方法を知ったアゲハ達は、自衛隊が管理する元グリゴリの研究所へと潜入する。しかし、そこに潜む恐るべき悪意がアゲハ達を襲い…!!nn引用：コミックシーモア

『13巻あらすじ』nn新たなメンバーを加え、刻々と力を蓄える天戯弥勒率いるW.I.S.E。その行方を知る事も出来ず、不利な状況に苛立つアゲハ達。小惑星・ウロボロスの衝突を食い止めるため、アゲハが提案する危険な賭けとは…!?nn引用：コミックシーモア

『14巻あらすじ』nn次々と襲いかかるW.I.S.Eの精鋭部隊スカージと“根”各所で激突するアゲハ達。苦戦しつつも撃退に成功した時、星将・ジュナスが姿を現す！　その圧倒的破壊力に対抗する術を持たず、追い詰められたアゲハだが!?nn引用：コミックシーモア

『15巻あらすじ』nn攫われたマリー達を救うため、W.I.S.E首都攻撃の作戦を練るアゲハ達。新たな力を求めアゲハと雨宮は「ノヴァ」の修業を始める。そして、飛龍達とエルモア・ウッドは二手に別れ、W.I.S.Eへの攻撃を開始する!!nn引用：コミックシーモア

『16巻あらすじ』nn桁違いの力を使い生命を弄んできた弥勒。その身勝手な目的に怒りを爆発させたアゲハ…!!　互いに最強の力を手に入れた二人の最終決戦の行方は!?　そして、アゲハ達のいない現代では世界崩壊の時が迫るが!?nn引用：コミックシーモア