『1巻あらすじ』nn関ヶ原の戦より4年、千人斬り伝説復活す！　手には5尺の大太刀（おおだち）、背には太極図（たいきょくず）の紋、面（おもて）には鬼が如き深紅の眼（まなこ）！　百万両の賞金首、その名は鬼眼の狂（おにめのきょう）!!　賞金稼ぎ椎名（しいな）ゆやが知り合った薬売り、壬生京四郎（みぶ・きょうしろう）のもうひとつの顔が、鬼眼の狂だった。運命に導かれた2人の旅がはじまる――。nn引用：コミックシーモア

『2巻あらすじ』nn落人（おちうど）の隠れ里で殺戮（さつりく）に走る、代官の用心棒・爾門（じもん）。爾門の前に立ちふさがった京四郎、その時漏れ出た言葉。それは……「ヤツがくる」――。京四郎のもうひとつの顔、鬼眼の狂（おにめのきょう）を知る男との死闘。そして4年前の関ヶ原での出来事。狂の本当の顔とは？nn引用：コミックシーモア

『3巻あらすじ』nn鬼頭厳馬（きどう・げんま）と三彩衆（さんさいしゅう）を前に、再び現れた鬼眼の狂（おにめのきょう）。その躯（からだ）には微妙な変化が!?　そして、衝撃の一言を口にする。「オレが一番殺したいのは京四郎（あのヤロウ）なんだよ」――!!　覚醒し、京四郎と入れ替わった狂は、会わねばならぬ人間を求め、江戸へ向かう。nn引用：コミックシーモア

『4巻あらすじ』nn真田幸村（さなだ・ゆきむら）の暗殺と、狂（きょう）への復讐を目論む“蜘蛛遣（くもし）”の真尋（まひろ）。彼女との因縁により、幸村の依頼を受けた狂の真意とは!?　そして御前試合で、狂は本当に徳川家康の首を狩れるのか――!?　狂の剣、ますます冴え渡る!!nn引用：コミックシーモア

『5巻あらすじ』nn真に戦うべき徳川家康（とくがわ・いえやす）の正体を見定めた鬼眼（おにめ）の狂（きょう）と真田幸村（さなだ・ゆきむら）。家康は取り逃がしたが、真の侍として刀を交えた2人は、互いの信頼を深めていった。そして幸村からついに、狂の躯（からだ）の隠し場所が明かされる時が……!!　幸村と別れ、躯を求め旅立つ狂。だが同時に、狂を狙う新たな刺客たちも蠢（うごめ）きだしていた!!nn引用：コミックシーモア

『6巻あらすじ』nn兄の仇の真実を知るため、ゆやは鬼眼（おにめ）の狂（きょう）と共に富士山の裾野に広がる青木ケ原樹海の深奥へ──。樹海では“あの御方”の命を受けた十二神将が集結。狂に襲いかかってきた!!　人形遣い・宮毘羅（くびら）の完全結界のなかで最大の危機を迎えた時、ついに“京四郎”が現れた!?nn引用：コミックシーモア

『7巻あらすじ』nn鬼眼（おにめ）の狂（きょう）の躯が隠されているという紅蓮浄土（ぐれんじょうど）への案内役として、真田幸村（さなだ・ゆきむら）から遣わされた猿飛佐助（さるとび・さすけ）。そんな2人の前に現れたのは、“あの御方”の操る十二神将の1人・毘羯羅（びから）！　毘羯羅の圧倒的パワーに苦戦を強いられた狂たち。さらに狂の弱点と見なされたゆやが敵の手中に落ちてしまった！　一方、紅虎（べにとら）はアキラから“あの御方”の正体を聞き――!?nn引用：コミックシーモア

『8巻あらすじ』nn十二神将にさらわれてしまったゆや。“黄泉平坂（よもつひらさか）”で、最愛の兄の亡くなった日の記憶が蘇る。兄を殺したのはやはり――京四郎（きょうしろう）!?　そして、鬼眼（おにめ）の狂（きょう）たち一行は、紅蓮浄土（ぐれんじょうど）への近道である地獄門へと赴く。その場で狂は“あの御方”と邂逅、ついに正体を知る!!nn引用：コミックシーモア

『9巻あらすじ』nn絶対恐怖の名のもとに最強軍神甦る！　その漢（おとこ）の名は――織田上総介信長（おだ・かずさのすけ・のぶなが）……!!　信長＆十二神将の圧倒的な強さの前に、狂（きょう）、幸村（ゆきむら）、紅虎（べにとら）、サスケはそれぞれに追い込まれていく。熾烈を極める闘いの最中、狂の背後に怪しき“影”が――!!nn引用：コミックシーモア

『10巻あらすじ』nn復活した京四郎（きょうしろう）と激しき死闘を繰り広げる織田信長（おだ・のぶなが）!!　ついに決着かと思われた瞬間（とき）、京四郎の身に再び変化が――!!　そしてアキラが現れ言い放つ……「狂の躯（からだ）とゆやさんの命、頂きました」――。nn引用：コミックシーモア

『11巻あらすじ』nn狂（きょう）のカラダを取り戻すためアキラのいる京の都に向かう一行。そこへ現れた梵天丸（ぼんてんまる）を名乗る漢。彼には隠された裏の顔があった!!　その彼に導かれ、狂の刀を創った漢・村正（むらまさ）の謎の呼びかけに応じた狂たちだが──!?　真田幸村（さなだ・ゆきむら）の若き日を描いた外伝『蒼天の龍〈前編・後編〉』も収録!!nn引用：コミックシーモア

『12巻あらすじ』nn狂（きょう）と村正（むらまさ）抹殺の命を受けた壬生（みぶ）の刺客“五曜星（ごようせい）”の辰伶（シンレイ）。辰伶に苦戦する狂に、師・村正は命を懸けて真の無明神風流（むみょうじんぷうりゅう）を発動する。だが、辰伶の魔の手はゆやにまで及び――。nn引用：コミックシーモア

『13巻あらすじ』nnゆやの生命を救うべく獅子奮迅の闘いを繰り広げる紅虎（べにとら）とサスケ。狂（きょう）を待つ、ゆやと梵天丸（ぼんてんまる）の前にも壬生（みぶ）の刺客・ほたるが現れる。その意外な正体が明らかになる中、梵天丸との因縁の死闘が始まる!!nn引用：コミックシーモア

『14巻あらすじ』nn狂（きょう）・梵天丸（ぼんてんまる）・ほたるとの死闘の中、五曜星（ごようせい）・鎭明（チンメイ）が突然の乱入！　彼にいざなわれて壬生の地を目指す狂と、師・村正（むらまさ）の別れの時が……。そして旅路を急ぐ一行の前に突然現れたアキラ。彼は本物の“狂の躯”を携えていた――!!nn引用：コミックシーモア

『15巻あらすじ』nnついに壬生（みぶ）の地へ足を踏み入れた狂（きょう）たち！　壬生の刺客を斃（たお）し進むも、梵天丸（ぼんてんまる）、アキラが敵の罠に!!　そこで梵天丸は、太四老（たいしろう）を名乗る時人（ときと）に出会い、意外な真実を知る……！nn引用：コミックシーモア

『16巻あらすじ』nn第一の“五曜（ごよう）門”で死闘を繰り広げる狂（きょう）とほたる。互いの身を灼く炎の激突！　奥義の応酬に大地ざわめく……!!　そして狂の無明神風流（むみょうじんぷうりゅう）奥義“朱雀（すざく）”が天空を疾（はし）った瞬間（とき）――!!nn引用：コミックシーモア

『17巻あらすじ』nn第二の“門”で始まったアキラと歳世（さいせい）の一騎打ち！ 盲目の天才・アキラの前に明らかになる歳世の正体!! 信念を貫く2人のサムライの、時を超えた闘いの決着は――!?nn引用：コミックシーモア

『18巻あらすじ』nn第三の“門”で待ち構えるは、謎多き五曜星（ごようせい）・鎭明（ちんめい）！　鎭明を前に狂（きょう）の脳裏を横切るのは、苦い想いと強い憎悪――。真尋（まひろ）との確執が生まれたあの日の悲劇とは……!?nn引用：コミックシーモア

『19巻あらすじ』nn怒髪天を突いた狂（きょう）が第三の“門”で鎭明（チンメイ）と激突！　狂の“朱雀（すざく）”に、重力を操る鎭明の“黒天球（こくてんきゅう）”が襲いかかる！　ゆやたちを待っているのは希望か、それとも絶望か!?nn引用：コミックシーモア

『20巻あらすじ』nn“造られし者達”のため、壬生（みぶ）を“必要悪”として守ろうとする闘神・太白（タイハク）。情の力を信じ、すべての者の平和を築こうとする紅虎（べにとら）。第四の“門”で、2人の優しき漢が“信念”をかけてぶつかり合う――!!nn引用：コミックシーモア

『21巻あらすじ』nn疑問を感じながらも、壬生（みぶ）一族を守ろうとする辰伶（シンレイ）。狂（きょう）に代わり、がんじがらめの辰伶を解放するため、辰伶に挑むほたる。運命に導かれ、最後の“五曜（ごよう）門”で繰り広げられる“異母兄弟（きょうだい）”の死闘――!!nn引用：コミックシーモア

『22巻あらすじ』nn辰伶（シンレイ）の前にほたるも斃れ、今まさに、ゆやの命も尽きようとした時――京四郎（きょうしろう）と同調（シンクロ）した狂（きょう）が、無明神風流（むみょうじんぷうりゅう）奥義“白虎（びゃっこ）”を解き放つ!!　そして、さらに近づく大いなる災厄！　四聖天（しせいてん）の最後の一人・灯（あかり）がついに現れる……！nn引用：コミックシーモア

『23巻あらすじ』nn最強の四聖天（しせいてん）の活躍で陰陽殿に続く“扉”に辿り着いた一行。しかし、4つの“扉”の中で、陰陽殿に入ることができるのは一つだけ。四方に分かれた狂（きょう）達だが、それぞれに恐ろしい敵が待ち受けていた――!!nn引用：コミックシーモア

『24巻あらすじ』nn壬生（みぶ）の本拠地“陰陽殿”を目指す一行の前に現れし真の十二神将（じゅうにしんしょう）!!　“石華眼（メドゥサ・アイ）”で人の命を弄ぶメキラに怒りの灯（あかり）が解き放つ“禁断の左手（悪魔の眼）”!!　そして、“巫女息吹（セイレーン・ブレス）”のインダラに翻弄されるサスケ……。絶体絶命の瞬間、サスケが“稀少種”として覚醒――!?nn引用：コミックシーモア

『25巻あらすじ』nnクビラの“信念”の裏に潜む、アンテラの隠された過去!?　我を忘れたアキラの目を覚まさせんと、天敵・紅虎（べにとら）の“逆さ八寸”が火を噴く!!　そして狂（きょう）と梵天丸（ぼんてんまる）の前に立ちはだかるは天上天下唯我独尊、真田（さなだ）の将――！！nn引用：コミックシーモア

『26巻あらすじ』nn“変態食欲（シリアル・グルメ）”ハイラの攻撃に、封印されし野獣・梵天丸（ぼんてんまる）が覚醒!!　かつての親友・シンダラと向き合う真田幸村（さなだ・ゆきむら）の胸中に去来するモノは!?　そして、瀕死の辰伶（シンレイ）を論語で諭す“紅き眼”を持つ謎の漢――!?nn引用：コミックシーモア

『27巻あらすじ』nn狂（きょう）と幸村（ゆきむら）、宿命の死闘!!　かつて、ふたりの間にあった、近くて遠い“一歩の差”は――!?　そして、動かぬはずの“鬼眼の躯”が、何者かの手により突然の胎動!!　鬼眼の狂が『苦手』と断言する“四方堂（しほうどう）”と名乗る謎多き人物も登場!!nn引用：コミックシーモア

『28巻あらすじ』nn“初代・太四老（たいしろう）が長（おさ）”四方堂（しほうどう）は、鬼眼の狂（きょう）を歯牙にもかけず。だが鬼眼が見せる一筋の“希望”に、四方堂の脳裏をよぎる悲しき想い出……。一方、陰陽殿“紅の塔”では“時人（ときと）”の前に早くも梵天丸が絶命す……!?nn引用：コミックシーモア

『29巻あらすじ』nn激しさを増す狂（きょう）と信長（のぶなが）の死闘!!　その最中、まさかの椎名（しいな）ゆや死亡!?　追い込まれた狂の前に、真の己の躯が現れる……!!nn引用：コミックシーモア

『30巻あらすじ』nn“紅（あか）の王”になると宣言し、ゆやを連れ、狂（きょう）の躯のまま姿を消した壬生京四郎（みぶ・きょうしろう）。その頃、ほたる達は連れ去られ、太四老・遊庵（ゆあん）の家へお宅訪問!?　そこで明かされる“ケイコク”時代の“ほたる”の過去!!nn引用：コミックシーモア

『31巻あらすじ』nn自分の居場所を守るため、師匠越えに挑むほたる!!　己のすべてを出し切るも師･遊庵（ゆあん）に一蹴される!!　まさに絶体絶命の瞬間、ほたるに“紅い”兆しが……!!nn引用：コミックシーモア

『32巻あらすじ』nn自分の“限界”を超えるため、命を賭して時人（ときと）に挑むアキラ!!　そのアキラの生き様に、自らもまた命を賭して“友情の太刀”を手渡す紅虎（べにとら）!!　“才能”を振りかざす時人に二人の漢の熱き想いが通じるか!?nn引用：コミックシーモア

『33巻あらすじ』nn壮絶な死闘の末、アキラに敗れた時人（ときと）。負けを認めない彼女に四方堂（しほうどう）の口から、壬生（みぶ）再臨計画の真相と時人の秘められた生い立ちが明かされる！　一方、壬生一族最大の秘密を知る朔夜（さくや）を葬るため、ついに先代“紅（あか）の王”が動き出した！ 朔夜を連れ逃げるゆやと幸村（ゆきむら）、十勇士（じゅうゆうし）たちは無事、“紅の塔”を脱出できるのか!?nn引用：コミックシーモア

『34巻あらすじ』nnひしぎに操られ、殺戮兵器『阿修羅（あしゅら）』となって自分たちに襲いかかる灯（あかり）を救うため、狂（きょう）は自ら灯に戦いを挑む。同時に吹雪（ふぶき）vs.辰伶（シンレイ）の師弟対決も開始！　吹雪の圧倒的な力の前に辰伶はまったく歯がたたないが、その時ほたるが現れた！　二人は異母兄弟（きょうだい）の絆を武器に吹雪に立ち向かう!!nn引用：コミックシーモア

『35巻あらすじ』nnついに“紅（あか）の塔”上部に辿り着いた狂（きょう）たちは吹雪（ふぶき）とひしぎ、2人の太四老との闘いに突入!!　しかし、ほたると辰伶（シンレイ）は吹雪の圧倒的な力の前に敗れ、狂もひしぎの一撃を受けて意識を失う。絶体絶命の危機のなか、吹雪が辰伶たちに話し始めたのは、壬生（みぶ）一族最大の秘密だった!!nn引用：コミックシーモア

『36巻あらすじ』nn先代“紅（あか）の王”の非道な行いに怒り心頭の狂（きょう）の前に、最強の刺客として立ちはだかったのはなんと壬生京四郎（みぶ・きょうしろう）！　狂の奥義をことごとく陰の太刀で受け流し、狂を圧倒する!!　狂は真の“紅き眼”で対抗するが、それすらもかなわず――意識を失った狂に勝機はあるのか!?nn引用：コミックシーモア

『37巻あらすじ』nn黄金色（こんじき）の神風（かぜ）が吹き、鬼眼の漢が大地に立つ!!　そして明かされる壬生京四郎（みぶ・きょうしろう）の真の想いと、悲しき過去――。先代“紅（あか）の王”の逆鱗に触れた今、 次々に斃れゆく鬼眼の戦友（とも）たち!!nn引用：コミックシーモア

『38巻あらすじ』nn先代“紅（あか）の王”との激闘のなか、勝つために自らかつて一族を滅ぼした“鬼神”と化して暴走する狂（きょう）！　もはやこれまでと思われた時、命をかけたゆやの必死の呼びかけに狂の背中が光り輝く――!!　『SAMURAI DEEPER KYO』ついに感動のフィナーレ!!nn引用：コミックシーモア